Het Calvijn College is ontstaan in 1994 uit een fusie tussen destijds drie zelfstandige scholen: de Voetius-scholengemeenschap in Goes, de Rehoboth-scholengemeenschap in Krabbendijke en Tholen en de Smytegelt-mavo in Middelburg. 

De Rehobothschool in Krabbendijke was al enkele jaren daarvoor gefuseerd met de christelijke mavo in Tholen. Daarvoor bestonden uiteraard al bepaalde vormen van samenwerking tussen de verschillende scholen. Maar diverse ontwikkelingen, zoals de komst van de basisvorming, noopten tot intensivering van die samenwerking. Tegelijkertijd is een belangrijk uitgangspunt bij de fusie geweest dat het onderwijs zo veel als mogelijk goed bereikbaar moet zijn voor onze jongeren. In vier gemeenten is nu een schoollocatie, zodat de meeste leerlingen in elk geval dichtbij huis onderwijs naar Schrift en belijdenis kunnen volgen. De intentie van de samenwerking is onze achterban van ouders en leerlingen zo goed mogelijk te dienen.